Í desember 2025 tilkynntu Faxaflóahafnir um breytingu á framkvæmd sem sneri að dýpkun Sundahafnar til Skipulagsstofnunar, nú Húsnæðis-, mannvirkja- og skipulagsstofnunar (HMS). Var óskað eftir ákvörðun um hvort umhverfismeta þyrfti hina nýju framkvæmd.

Fyrri áætlanir um framkvæmdir við Sundahöfn höfðu verið umhverfismetnar en breytingin fólst í því að framkvæmdir sem áður höfðu verið áætlaðar að næðu yfir 20 ára tímabil yrðu að miklu leyti framkvæmdar á aðeins einu ári.

Áður hafði einnig verið gert ráð fyrir að efni sem tekið væri af hafsbotni yrði notað í landfyllingar en í hinni nýju framkvæmd var gert ráð fyrir að botnsetinu sem mengað væri af PCB-efnum yrði varpað í hafið úti fyrir Engey. PCB-efni eru þrávirk og krabbameinsvaldandi lífræn efni sem eru afar hættuleg lífríki sjávar og þeim lífverum sem tengjast fæðuvef hafsins hans á einhvern hátt, svo sem strand- og andfuglum.

HMS ákvarðaði að ekki þyrfti að umhverfismeta hina nýju útfærslu framkvæmdarinnar en Náttúrugrið töldu að hún væri í fyrrnefndum mikilvægum þáttum ólík fyrri útfærslu, auk þess að vera ekki í samræmi við lög um stjórn vatnamála, og skyldi hún því hlíta umhverfismati.

Úrskurðarnefnd umhverfis- og auðlindamála felldi ákvörðun HMS úr gildi í apríl 2026 á grundvelli þess að hin nýja útfærsla Faxaflóahafna á dýpkun Sundahafnar gæti ekki talist vera breyting á framkvæmd þar sem engin leyfi hefðu verið gefin út fyrir framkvæmdinni á grundvelli fyrra umhverfismats. Í stað þess hefði framkvæmdaraðila verið rétt að hefja feril umhverfismats að nýju.